Då reformationen började sprida sig i Tyskland, motarbetades den ivrigt av Kristofer av Braunschweig-Wolfenbüttel, som var biskop i både Bremen och Verden, men hans bror och efterträdare Georg, som också styrde båda stiften (1558-1566), tolererade den. Då efter dennes död stiften blev skilda, infördes reformationen i Verden. Det var fortfarande ett biskopsdöme, men styrdes, såsom så många andra sådana i Tyskland under denna tid, av en protestantiskbiskop och ett protestantiskt domkapitel.
Verden erövras av Sverige
Efter restitutionsediktets utfärdande 1629 förbereddes i Verden som på många ställen en katolsk reaktion, men åtgärderna i denna riktning avbröts genom Gustav II Adolfs uppträdande. År 1632 besattes Verden av svenska trupper, men 1636 måste svenska regeringen överlämna landet åt hertig Fredrik av Danmark, som 1634 blivit vald till ärkebiskop i Bremen. Då krig1643 bröt ut mellan Danmark och Sverige, tog hertig Fredrik parti för sin far, Kristian IV, mot Sverige, vilket hade till följd att den svenske generalenHans Christoff Königsmarck1645 erövrade både Bremen och Verden. Trots gjorda försök lyckades hertig Fredrik sedermera inte komma i besittning av de förlorade stiften, och i westfaliska freden (1648) avträddes de båda i egenskap av sekulariserade hertigdömen som rikslän till Sveriges krona.
Verden under Sverige
Redan vid den provisoriska anordningen av styrelsen i Bremen och Verden 1649 hade hertigdömena erhållit gemensam styrelse. Så blev också fallet sedan deras ställning under nödvändig samverkan med dem själva definitivt ordnats genom en av den svenska regeringen tillsatt kommission, som erhöll sin instruktion i början av 1651 och avslutade sin verksamhet sommaren 1652. Verden behöll emellertid sin särskilda förvaltning och sin lantdag. År 1712 erövrade danskarna såväl Bremen som Verden, men förpantade 1715 dessa länder till kurfursten av Hannover, och i freden i Stockholm1719 avträdde Sverige dem definitivt till denne mot en ersättningssumma av 1 miljon riksdaler.
Bremen-Verden1655.jpg abgebildet sind die Herzogtümer Bremen und Verden (ehemals Erzbistum bzw. Bistum) im Jahre 1655, Erschienen in: Amstelodami//Amsterdam, Maßstab: Ca. 1:320.000, Kupferstich „Vergessen“ wurde der Territorialbesitz der beiden Freien Reichsstädte Hamburg und Bremen. Letzterer ist in der Darstellung dem Amt Freudenberg zugeschlagen.