* Antal matcher och mål i seniorlag räknas endast för de inhemska ligorna och är korrekt per den 1 januari 2024. ** Antal landskamper och mål är korrekta per den 20 november 2023.
Lobotka inledde sin fotbollskarriär i AS Trenčín 2011 och gjorde sin debut i slovakiska superligan den 4 mars 2012 mot Banska Bystrica. Inför säsongen 2013/2014 lånades han ut till Jong Ajax. I augusti 2015 värvades han av danska FC Nordsjælland där han snabbt blev en viktig spelare för laget och blev framröstad till lagets bästa spelare två gånger. Han såldes därefter vidare till spanska Celta Vigo där han blev lagkamrat med bland annat John Guidetti. Efter ett par bra säsonger i Celta Vigo fick Napoli upp ögonen för Lobotka och affären blev ett faktum den 15 januari2020. Han gjorde sin Serie A-debut för klubben i en match mot topplaget Juventus den 26 januari 2020.[2]