Sars-cov-2 omikron

Coronavirus

sars-cov-2
Denna artikel är en del av
serien om coronavirus:
Olika coronavirus
HCoV-229E · HCoV-NL63 · IBV · MERS-CoV (orsakar mers) · SARS-CoV (orsakar sars) · Sars-cov-2 (varianter)
Covid-19
Pandemin (Europa · Finland · Danmark · Norge · Sverige) – Covid-19 och graviditet · Provtagning · Sjukdomen · Viruset · Postcovid
Egenskaper
Droppsmitta · Fladdermusburna virus · Lunginflammation · Pandemi · Samhällsfarlig sjukdom · Zoonos
Motåtgärder
Covid-19-vaccin · Flockimmunitet · Karantän · Munskydd · Nedstängning · Smittskydd · Social distansering
Sverige
Folkhälsomyndigheten · Krisinformation.se · MSB · Statsepidemiolog (Anders Tegnell) · Coronakommissionen
Internationellt
EMA · WHO (internationellt hälsonödläge)

Sars-cov-2 omikron, även känd under beteckningarna B.1.1.529, GR/484A och 21K,[1] är en variant av sars-cov-2, viruset som orsakar covid-19. Varianten upptäcktes i Botswana den 9 november 2021.[2] Den 26 november 2021 klassificerade Världshälsoorganisationen (WHO) varianten som en variant av särskild betydelse och gav den den grekiska bokstaven omikron som beteckning.[3][4][5]

Varianten har ovanligt många mutationer, varav vissa är autapomorfa. Vissa påverkar genen för spikproteinet, som vaccinen mot covid-19 använder sig av.

Nomenklatur

Den 26 november 2021 klassade Världshälsoorganisationen varianten som varande av särskild betydelse, och gav den beteckningen omikron.[3][4][5]

GISAID-projektet har tilldelat varianten kladen GR/484A,[1] Nextstrain har tilldelat varianten kladen 21K.[1] och Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages benämningen B.1.1.529[1]

Mutationer

Varianten har många mutationer, varav 32 påverkar spikproteinet.[6][7]

Varianten kännetecknas av 30 aminosyraförändringar, tre små deletioner och en insertion i spikproteinet jämfört med ursprungsviruset, varav 15 finns i den receptor-bindande domänen, [8][9][10] alltså den del av spikproteinet som binder till cellytan så viruset kan ta sig in.

Symtom

Inga ovanliga symtom har upptäckts med omikron-varianten jämfört med andra varianter. Tidiga siffror från Botswana tyder på en stor andel asymtomatiska infekterade.[11] Relativt få sjukfall och inga dödsfall finns fram till 28 november 2021 rapporterade[12] vilket skulle kunna tyda på att viruset är mindre virulent, och alltså framkallar sjukdom i lägre grad än tidigare varianter.

Diagnostik

De PCR-tester som är i bruk (december 2021) kan upptäcka virus även av omikron-varianten.[3] Snabbtester (antigen-test) tros inte heller påverkas.[13]

Epidemiologi

Antalet fall av varianten har ökat i Sydafrika, specifikt i provinsen Gauteng.[6] Viss forskning verkar visa att varianten medför större risk för återinfektion. Studier genomförs[när?] för att bli säker över smittsamhet, mortalitet och andra faktorer. Vidare genomförs också[när?] studier för att ta reda på hur varianten påverkar vaccinens effektivitet.[14][15]

Det är fortfarande oklart om omikron är mer smittsam än delta. Siffror som anges fördubblad smittsamhet[16] eller upp till sexdubblad[17] förekommer.

Statistik

Karta över länder med bekräftade fall av omikron-varianten.

Data tagen från GISAID sedan den 29 november 2021.[18]

Bekräftade fall i olika länder
LänderBekräftade fall
Sydafrika124
Botswana19[19]
Nederländerna14[20]
Portugal13[21]
Storbritannien14[22]
Hongkong3[23]
Australien6[24]
Tyskland3[25]
Danmark2[26]
Kanada2[27]
Italien4[28][29]
Israel1[30]
Belgien1[31]
Tjeckien1[32]
Österrike1[33]
Spanien1[34]
Japan1[35]
Frankrike1[36]
Sverige3[37]
Globalt (19 länder)Totalt: 214

Historia

Rapporterade fall

Den 24 november 2021 rapporterades varianten för första gången till Världshälsoorganisationen från Sydafrika.[3] Det första kända provet som togs kan dateras till den 9 november 2021 från Botswana.[7] Varianten har också upptäckts i Sydafrika;[38] ett fall reste vidare till Hongkong.[39][40] Ytterligare ett bekräftat fall upptäcktes i Israel hos en resenär som återvänt hem från Malawi,[41] och sedan två andra som återvänt från Sydafrika och en från Madagaskar.[42] Den 26 november bekräftades ett fall i Belgien från en resenär som återvänt från Egypten, resenären hade återvänt hem till Belgien den 11 november.[43]

Alla fyra första fall som rapporterades från Botswana var hos fullt vaccinerade personer.[44] Alla tre bekräftade fall i Israel och misstänkta fall från Israel var hos fullt vaccinerade personer. Även ett misstänkt fall i Tyskland var hos en fullt vaccinerad person.[45]

Den 27 november upptäcktes två fall av varianten i Storbritannien,[46] och ytterligare två fall i München, Tyskland och ett i Milano, Italien.[47] Nederländernas folkhälsomyndighet beräknade att 61 av runt 600 passagerare på två flygplan från Sydafrika som landat på Amsterdam-Schiphols flygplats hade testat positivt för covid-19, 13 av dessa bar på omikron-varianten.[48] Passagerarna testades och sattes i karantän när planet anlände i Amsterdam.[49]

Den 28 november upptäcktes två fall i Sydney, Australien. Båda människorna landade i Sydney efter att ha rest från Sydafrika via Doha, Qatar. Båda två är fullt vaccinerade och sattes i karantän.[50] Två resenärer landade i Danmark den 27 november och testade positivt för covid-19, det var dock oklart om de bar på omikron-varianten. Den 28 november bekräftade Statens Serum Institut (SSI) att de bar på omikron-varianten.[26]

Den 29 november bekräftade Sverige sitt första fall av omikron i Region Skåne.[37] Portugal bekräftade även 13 fall, alla medlemmar av en fotbollsklubb.[51] Spanien bekräftade också sitt första fall denna dag.[52]

Den 30 november bekräftade Japan sitt första fall av omikron.[53]

Marknadens reaktion

Oro ledde till kraftiga nedgångar på börshandeln den 26 november 2021, bland annat såg Dow Jones Industrial Average sitt största börsfall under hela 2021, majoriteten av bolagen som berördes var relaterade till turism. Priset på Brent crude och West Texas Intermediates olja föll med närmare 10% och 11,7% respektive.[54] Även flera kryptovalutor påverkades.[55][56]

Se även

Referenser

  1. ^ [a b c d] ”Tracking SARS-CoV-2 variants” (på engelska). www.who.int. https://www.who.int/emergencies/emergency-health-kits/trauma-emergency-surgery-kit-who-tesk-2019/tracking-SARS-CoV-2-variants. Läst 27 november 2021. 
  2. ^ ”US to Restrict Flights Over New Heavily Mutated Omicron COVID-19 Variant - November 26, 2021” (på amerikansk engelska). Daily News Brief. 26 november 2021. Arkiverad från originalet den 23 december 2021. https://web.archive.org/web/20211223093203/https://dailynewsbrief.com/2021/11/26/us-to-restrict-flights-over-new-heavily-mutated-omicron-covid-19-variant/. Läst 27 november 2021. 
  3. ^ [a b c d] ”Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern” (på engelska). www.who.int. https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern. Läst 27 november 2021. 
  4. ^ [a b] Parekh, Marcus; Platt, Poppie; Team, Global Health Security (26 november 2021). ”Coronavirus latest news: EU suspends all flights to southern Africa over omicron Covid variant fears” (på brittisk engelska). The Telegraph. ISSN 0307-1235. https://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and-disease/covid-new-south-african-variant-strain-lockdown-restrictions/. Läst 27 november 2021. 
  5. ^ [a b] ”What's Omicron? Here's what we know and don't know about the new COVID variant that's roiling markets and air travel” (på engelska). Fortune. https://fortune.com/2021/11/26/nu-covid-variant-who-south-africa-markets-oil-crypto-air-travel/. Läst 27 november 2021. 
  6. ^ [a b] Hurst, Luke (25 november 2021). ”Omicron: The new COVID variant with 32 mutations causing concern” (på engelska). euronews. https://www.euronews.com/next/2021/11/25/what-we-know-so-far-about-the-b-1-1-529-covid-variant-causing-concern-in-south-africa. Läst 27 november 2021. 
  7. ^ [a b] Callaway, Ewen (2021-11-25). ”Heavily mutated Omicron variant puts scientists on alert” (på engelska). Nature. doi:10.1038/d41586-021-03552-w. https://www.nature.com/articles/d41586-021-03552-w. Läst 27 november 2021. 
  8. ^ Zimmer, Carl (26 november 2021). ”New Virus Variant Stokes Concern but Vaccines Still Likely to Work” (på amerikansk engelska). The New York Times. ISSN 0362-4331. https://www.nytimes.com/2021/11/26/health/omicron-variant-vaccines.html. Läst 27 november 2021. 
  9. ^ Zhang, Liping; Mann, Matthew; Syed, Zulfeqhar A.; Reynolds, Hayley M.; Tian, E.; Samara, Nadine L. (2021-11-23). ”Furin cleavage of the SARS-CoV-2 spike is modulated by O-glycosylation” (på engelska). Proceedings of the National Academy of Sciences 118 (47). doi:10.1073/pnas.2109905118. ISSN 0027-8424. PMID 34732583. https://www.pnas.org/content/118/47/e2109905118. Läst 27 november 2021. 
  10. ^ ”Implications of the emergence and spread of the SARS-CoV-2 B.1.1. 529 variant of concern (Omicron) for the EU/EEA”. ECDC. 26 november 2021. https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/Implications-emergence-spread-SARS-CoV-2%20B.1.1.529-variant-concern-Omicron-for-the-EU-EEA-Nov2021.pdf. Läst 26 november 2021. 
  11. ^ Botswana’s health director says majority of Omicron variant cases were asymptomatic, WHBL 1 dec 2021
  12. ^ Omicron has caused panic, but no reported deaths yet, Jill Margo i Financial Review, 28 nov 2021
  13. ^ ”Frequently asked questions for the B.1.1.529 mutated SARS-CoV-2 lineage in South Africa” (på amerikansk engelska). NICD. 26 november 2021. https://www.nicd.ac.za/frequently-asked-questions-for-the-b-1-1-529-mutated-sars-cov-2-lineage-in-south-africa/. Läst 27 november 2021. 
  14. ^ Nebehay, Stephanie; Winning, Alexander (26 november 2021). ”WHO names new COVID variant omicron, cautions against travel measures” (på engelska). Reuters. https://www.reuters.com/business/healthcare-pharmaceuticals/who-meeting-friday-designate-new-variant-b11529-2021-11-26/. Läst 27 november 2021. 
  15. ^ ”Scientists warn of new Covid variant with high number of mutations” (på engelska). the Guardian. 24 november 2021. https://www.theguardian.com/world/2021/nov/24/scientists-warn-of-new-covid-variant-with-high-number-of-mutations. Läst 27 november 2021. 
  16. ^ ”Omicron variant spreads to Europe as UK announces countermeasures” (på engelska). the Guardian. 26 november 2021. https://www.theguardian.com/world/2021/nov/26/omicron-covid-variant-spreads-europe. Läst 27 november 2021. 
  17. ^ ”New COVID variant possibly 500 percent more infectious than Delta” (på engelska). Newsweek. 26 november 2021. https://www.newsweek.com/new-covid-variant-possibly-500-percent-more-infectious-delta-1653596. Läst 27 november 2021. 
  18. ^ ”GISAID - hCov19 Variants”. www.gisaid.org. https://www.gisaid.org/hcov19-variants/. Läst 28 november 2021. 
  19. ^ ”Botswana detects 19 cases of the new Covid variant” (på engelska). The Citizen. 29 november 2021. https://www.thecitizen.co.tz/tanzania/news/africa/botswana-detects-19-cases-of-the-new-covid-variant-3634596. Läst 29 november 2021. 
  20. ^ ”Dutch Find 14 'Omicron' Cases Among South African Passengers”. NDTV.com. https://www.ndtv.com/world-news/dutch-find-14-omicron-covid-19-cases-among-south-africa-passengers-2629687. Läst 30 november 2021. 
  21. ^ ”Portugal detects 13 cases of Omicron COVID-19 variant”. Reuters. 29 November 2021. https://www.reuters.com/business/healthcare-pharmaceuticals/portugal-detects-13-cases-omicron-covid-19-variant-2021-11-29/. 
  22. ^ ”COVID-19: Three more Omicron variant cases identified in Scotland - taking UK total to 14” (på engelska). Sky News. https://news.sky.com/story/covid-19-three-more-omicron-variant-cases-identified-in-scotland-taking-uk-total-to-14-12482837. Läst 30 november 2021. 
  23. ^ ”Coronavirus Hong Kong: Omicron variant must be kept out of community, experts say; city confirms 3 new cases”. South China Morning Post. 28 November 2021. https://www.scmp.com/news/hong-kong/health-environment/article/3157656/coronavirus-hong-kong-omicron-variant-must-be. 
  24. ^ Nguyen, Kevin (29 November 2021). ”NSW Health confirms two more Omicron COVID-19 cases in travellers from southern Africa”. https://www.abc.net.au/news/2021-11-29/nsw-health-confirms-two-more-omicron-covid-cases-in-sydney/100658728. 
  25. ^ ”Coronavirus live updates: Netherlands finds 13 cases of Omicron variant among 61 infected passengers from South Africa”. Indiantimes. 28 November 2021. https://timesofindia.indiatimes.com/india/coronavirus-live-updates-india-and-world-november-28/liveblog/87955934.cms. 
  26. ^ [a b] ”To personer er indrejst i Danmark med coronavarianten Omikron” (på danska). www.bt.dk. 2021-11-28. https://www.bt.dk/content/item/1555550. 
  27. ^ ”2 cases of omicron variant confirmed in Ottawa, Ontario government says”. CBC News. 28 November 2021. https://www.cbc.ca/news/politics/omicron-variant-canada-travellers-1.6265927. 
  28. ^ Pitas, Costas; Chambers, Madeline; Sterling, Toby (28 november 2021). ”UK, Germany and Italy detect Omicron variant cases, Israel closes borders” (på engelska). Reuters. https://www.reuters.com/world/concerns-over-covid-variant-trigger-more-travel-curbs-southern-africa-2021-11-27/. Läst 28 november 2021. 
  29. ^ ”As 2nd Omicron case found, Israel bars airport arrivals from taking buses, trains” (på amerikansk engelska). www.timesofisrael.com. https://www.timesofisrael.com/as-2nd-omicron-case-found-israel-bars-airport-arrivals-from-taking-buses-trains/. 
  30. ^ ”Israel banning entry to foreigners as Fauci urges Americans to take new vairant seriously”. NBC News. 28 November 2021. https://www.nbcnews.com/news/world/fears-new-omicron-covid-variant-prompts-israel-ban-entry-foreigners-rcna6858. 
  31. ^ ”Omicron: Europe's first reported case of new COVID variant has been discovered in Belgium”. Euronews. 28 November 2021. https://www.euronews.com/2021/11/26/europe-s-first-reported-case-of-new-covid-variant-has-been-discovered-in-belgium. 
  32. ^ ”Variantu covidu omikron potvrdila sekvenace v Liberci. Výsledek prověří Národní referenční laboratoř” (på czech). iROZHLAS. https://www.irozhlas.cz/zpravy-domov/omikron-koronavirus-v-cesku-mutace-hygiena_2111271159_pj. 
  33. ^ Neghaiwi, Brenna Hughes (28 november 2021). ”Austria reports first suspected case of Omicron COVID-19 variant” (på engelska). Reuters. https://www.reuters.com/world/europe/austria-reports-first-suspected-case-omicron-covid-19-variant-2021-11-28/. Läst 28 november 2021. 
  34. ^ ”Últimas noticias del coronavirus, en directo”. EL PAÍS. 29 November 2021. https://elpais.com/sociedad/2021-11-29/ultimas-noticias-del-coronavirus-hoy-en-espana-y-el-mundo-y-la-nueva-variante-omicron-en-directo.html?outputType=amp. 
  35. ^ Takahashi, Ryusei (30 november 2021). ”Japan confirms first case of omicron coronavirus variant” (på amerikansk engelska). The Japan Times. https://www.japantimes.co.jp/news/2021/11/30/national/japan-omicron-case/. Läst 30 november 2021. 
  36. ^ ”Omicron variant case confirmed in France - on Réunion island” (på engelska). The Connexion. 30 november 2021. https://www.connexionfrance.com/French-news/Omicron-variant-case-confirmed-in-France-on-Reunion-island. Läst 30 november 2021. 
  37. ^ [a b] ”Första fallet av omikron upptäckt i Sverige”. www.aftonbladet.se. https://www.aftonbladet.se/a/Poazg6. Läst 29 november 2021. 
  38. ^ ”outbreak.info” (på engelska). outbreak.info. https://outbreak.info/. Läst 27 november 2021. 
  39. ^ ”New Covid variant: How worried should we be?” (på brittisk engelska). BBC News. 25 november 2021. https://www.bbc.com/news/health-59418127. Läst 27 november 2021. 
  40. ^ ”Tracking SARS-CoV-2 variants” (på engelska). www.who.int. https://www.who.int/emergencies/emergency-health-kits/trauma-emergency-surgery-kit-who-tesk-2019/tracking-SARS-CoV-2-variants. Läst 27 november 2021. 
  41. ^ Coronaheadsup.com (26 november 2021). ”Israel: four potential Omicron cases flew in from Malawi, Jordan” (på amerikansk engelska). Coronaheadsup.com. https://www.coronaheadsup.com/asia/israel/israel-four-potential-omicron-cases-flew-in-from-malawi-jordan/. Läst 27 november 2021. 
  42. ^ ינקו, אדיר; שומפלבי, אטילה (26 november 2021). ”מחוסנת ב-3 מנות ואישה שנסעה לאילת באוטובוס: המאומתים לזן החדש” (på hebreiska). Ynet. https://www.ynet.co.il/news/article/syyt2za00y. Läst 27 november 2021. ”Verified for the new strain 4 verified for the new variant were discovered in the country..” 
  43. ^ Reuters (26 november 2021). ”Belgium detects first case of new COVID-19 variant in Europe” (på engelska). Reuters. https://www.reuters.com/business/healthcare-pharmaceuticals/belgium-detects-first-case-new-covid-19-variant-europe-2021-11-26/. Läst 27 november 2021. 
  44. ^ Tlhankane, Mompati (25 november 2021). ”Four cases of the new COVID-19 variant recorded in Botswana” (på engelska). Mmegi Online. https://www.mmegi.bw/news/four-cases-of-the-new-covid-19-variant-recorded-in-botswana/news. Läst 27 november 2021. 
  45. ^ ”Flughafen Frankfurt: Corona-Variante Omikron - Person mit Omikron-Verdacht war vollständig geimpft | Politik”. web.archive.org. 27 november 2021. Arkiverad från originalet den 27 november 2021. https://web.archive.org/web/20211127155005/https://www.fr.de/politik/corona-variante-omikron-mit-sehr-hoher-wahrscheinlichkeit-bereits-in-deutschland-zr-91143286.html. Läst 27 november 2021. 
  46. ^ ”Covid: Two cases of new variant Omicron detected in UK” (på brittisk engelska). BBC News. 27 november 2021. https://www.bbc.com/news/uk-59445388. Läst 27 november 2021. 
  47. ^ Pitas, Costas; Chambers, Madeline; Sterling, Toby (28 november 2021). ”UK, Germany and Italy detect Omicron variant cases, Israel closes borders” (på engelska). Reuters. https://www.reuters.com/world/concerns-over-covid-variant-trigger-more-travel-curbs-southern-africa-2021-11-27/. Läst 28 november 2021. 
  48. ^ Piper, Elizabeth; Sterling, Toby (28 november 2021). ”Thirteen cases detected in Netherlands as Omicron variant spreads” (på engelska). Reuters. https://www.reuters.com/world/new-coronavirus-variant-omicron-keeps-spreading-australia-detects-cases-2021-11-28/. Läst 28 november 2021. 
  49. ^ Sterling, Toby (27 november 2021). ”61 travellers from South Africa in Netherlands positive for COVID-19 -authorities” (på engelska). Reuters. https://www.reuters.com/world/europe/passengers-south-africa-face-wait-covid-19-testing-amsterdam-2021-11-26/. Läst 27 november 2021. 
  50. ^ ”Australia's first cases of Omicron COVID-19 strain detected in Sydney travellers” (på australisk engelska). ABC News. 28 november 2021. https://www.abc.net.au/news/2021-11-28/tavellers-test-positive-omicron-covid-sydney/100657076. Läst 28 november 2021. 
  51. ^ ”Live updates: Omicron variant”. 29 November 2021. https://www.cnn.com/world/live-news/covid-variant-omicron-11-29-21/index.html. 
  52. ^ Reuters (29 november 2021). ”Spain detects first Omicron case, COVID-19 infections rise” (på engelska). Reuters. https://www.reuters.com/world/europe/spain-detects-first-omicron-case-covid-19-2021-11-29/. Läst 30 november 2021. 
  53. ^ Swift, Rocky; Lies, Elaine (30 november 2021). ”Japan's first Omicron case may help portray PM Kishida as decisive” (på engelska). Reuters. https://www.reuters.com/business/healthcare-pharmaceuticals/japan-confirms-first-case-omicron-variant-coronavirus-kyodo-2021-11-30/. Läst 30 november 2021. 
  54. ^ ”Dow records worst drop of 2021 as new coronavirus variant rattles global markets” (på amerikansk engelska). Washington Post. ISSN 0190-8286. https://www.washingtonpost.com/business/2021/11/26/stock-market-black-friday/. Läst 27 november 2021. 
  55. ^ ”Bitcoin and other crypto plunge as fear of new COVID variant routs markets” (på engelska). Fortune. Arkiverad från originalet den 27 november 2021. https://web.archive.org/web/20211127094021/https://fortune.com/2021/11/26/bitcoin-cryptocurrency-plunge-fear-new-south-africa-covid-variant-rout-market/. Läst 27 november 2021. 
  56. ^ Davies, Pascale (26 november 2021). ”Bitcoin's price has slumped after a new COVID variant was found. Why?” (på engelska). euronews. https://www.euronews.com/next/2021/11/26/bitcoin-price-drops-8-amid-fears-of-covid-b-1-1-529-variant-discovered-in-south-africa-her. Läst 27 november 2021. 

Externa länkar

Covid-19
Sjukdomen och viruset
Covid-19-pandemin · Miljöeffekter
Covid-19-pandemin i världen  · Europa  · Sverige  · Norge  · Finland
Smitta, sjukdom, följder
Smittskydd och åtgärder
Epidemiologi
Sverige
Pandemier och epidemier hos människor
PandemierSpanska sjukan.
Epidemier
Se även
Endemier · Pest · Lista över pågående epidemier

Media som används på denna webbplats

SARS-CoV-2 without background.png
This illustration, created at the Centers for Disease Control and Prevention (CDC), reveals ultrastructural morphology exhibited by coronaviruses. Note the spikes that adorn the outer surface of the virus, which impart the look of a corona surrounding the virion, when viewed electron microscopically. A novel coronavirus, named Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), was identified as the cause of an outbreak of respiratory illness first detected in Wuhan, China in 2019. The illness caused by this virus has been named coronavirus disease 2019 (COVID-19).
1918FluVictimsStLouis.jpg
With masks over their faces, members of the American Red Cross remove a victim of the Spanish Flu from a house at Etzel and Page Avenues, St. Louis, Missouri.
Map of countries with confirmed SARS-CoV-2 Omicron variant cases.svg
Författare/Upphovsman: Questzest, Licens: CC BY-SA 4.0
Legend:
 
100,000–999,999 Confirmed cases
 
10,000–99,999 Confirmed cases
 
1,000–9,999 Confirmed cases
 
100–999 Confirmed cases
 
10–99 Confirmed cases
 
1–9 Confirmed cases
 
No confirmed cases, no population, or no data available