Han tjänstgjorde i det amerikanska justitiedepartementet under presidenterna John F. Kennedy och Lyndon B. Johnson. Han var biträdande justitieminister 1961–1965, vice justitieminister 1965–1967 och justitieminister 1967–1969. En trolig bidragande orsak till Clarks utnämning som USA:s justitieminister var att fadern Tom C. Clark förväntades avgå från högsta domstolen för att undvika jäv. Clarks far avgick den 12 juni 1967 och öppnade vägen för president Johnson att utnämna Thurgood Marshall till högsta domstolen.
I justitiedepartementet fick Clark spela en central roll under viktiga år i medborgarrättssrörelsens historia. Han övervakade de federala myndigheternas närvaro när James Meredith, svart studerande, inledde sina studier vid University of Mississippi (Ole Miss). Han undersökte alla skoldistrikt i sydstaterna, efter att en domstol hade beordrat ett slut på rassegregationen. Vidare övervakade han de federala myndigheternas beskydd för medborgarrättsrörelsens marsch från Selma till Montgomery 1965. Han ledde presidentens insatsstyrka till stadsdelen Watts i Los Angeles efter 1965 års kravaller. Han deltog också i planeringen och verkställandet av rösträttslagen Voting Rights Act 1965 och av 1968 års medborgarrättslag.
Clark var en mycket känd försvarsadvokat som har arbetat för flera internationellt kända klienter. Ett av hans specialområden var försvar av dem som anklagas för krigsförbrytelser. Bland Clarks klienter fanns sådana som har anklagats för nazistiska krigsförbrytelser, krigsförbrytelser i före detta Jugoslavien och folkmordet i Rwanda. I USA var han advokat för bland annat politikern Lyndon LaRouche och David Koresh som ledde sekten Davidianerna. Den 5 november2006 blev han utkastad av domaren från rättegången mot Saddam Hussein. Clark hade kallat rättegången en travesti.
Alabama Christian Movement for Human Rights · Atlanta Student Movement · Brotherhood of Sleeping Car Porters · Congress of Racial Equality (CORE) · Committee on Appeal for Human Rights · Council for United Civil Rights Leadership · Dallas County Voters League · Deacons for Defense and Justice · Georgia Council on Human Relations · Highlander Folk School · Leadership Conference on Civil and Human Rights · Montgomery Improvement Association · Nashville Student Movement · NAACP · Northern Student Movement · National Council of Negro Women · National Urban League · Operation Breadbasket · Regional Council of Negro Leadership · Southern Christian Leadership Conference (SCLC) · Southern Regional Council · Student Nonviolent Coordinating Committee (SNCC) · The Freedom Singers · Wednesdays in Mississippi · Women's Political Council
Aktivister
Ralph Abernathy · Victoria Gray Adams · Zev Aelony · Mathew Ahmann · William G. Anderson · Gwendolyn Armstrong · Arnold Aronson · Ella Baker · Marion Barry · Daisy Bates · Harry Belafonte · James Bevel · Claude Black · Gloria Blackwell · Randolph Blackwell · Unita Blackwell · Ezell Blair Jr. · Joanne Bland · Julian Bond · Joseph E. Boone · William Holmes Borders · Amelia Boynton · Raylawni Branch · Ruby Bridges · Aurelia Browder · H. Rap Brown · Guy Carawan · Stokely Carmichael · Johnnie Carr · James Chaney · J. L. Chestnut · Colia Lafayette Clark · Ramsey Clark · Septima Clark · Xernona Clayton · Eldridge Cleaver · Kathleen Cleaver · Charles E. Cobb Jr. · Annie Lee Cooper · Dorothy Cotton · Claudette Colvin · Vernon Dahmer · Jonathan Daniels · Joseph DeLaine · Dave Dennis · Annie Devine · Patricia Stephens Due · Joseph Ellwanger · Charles Evers · Medgar Evers · Myrlie Evers-Williams · Chuck Fager · James Farmer · Walter E. Fauntroy · James Forman · Marie Foster · Golden Frinks · Andrew Goodman · Fred Gray · Jack Greenberg · Dick Gregory · Lawrence Guyot · Prathia Hall · Fannie Lou Hamer · William E. Harbour · Vincent Harding · Dorothy Height · Lola Hendricks · Aaron Henry · Oliver Hill · Donald L. Hollowell · James Hood · Myles Horton · Zilphia Horton · T. R. M. Howard · Ruby Hurley · Jesse Jackson · Jimmie Lee Jackson · Richie Jean Jackson · T. J. Jemison · Esau Jenkins · Barbara Rose Johns · Vernon Johns · Frank Minis Johnson · Clarence Jones · J. Charles Jones · Matthew Jones · Vernon Jordan · Tom Kahn · Clyde Kennard · A. D. King · C.B. King · Coretta Scott King · Martin Luther King Jr. · Martin Luther King Sr. · Bernard Lafayette · James Lawson · Bernard Lee · Sanford R. Leigh · Jim Letherer · Stanley Levison · John Lewis · Viola Liuzzo · Z. Alexander Looby · Joseph Lowery · Clara Luper · Malcolm X · Mae Mallory · Vivian Malone · Thurgood Marshall · Benjamin Mays · Franklin McCain · Charles McDew · Ralph McGill · Floyd McKissick · Joseph McNeil · James Meredith · William Ming · Jack Minnis · Amzie Moore · Douglas E. Moore · Harriette Moore · Harry T. Moore · William Lewis Moore · Irene Morgan · Bob Moses · William Moyer · Elijah Muhammad · Diane Nash · Charles Neblett · Edgar Nixon · Jack O'Dell · James Orange · Rosa Parks · James Peck · Charles Person · Homer Plessy · Adam Clayton Powell Jr. · Fay Bellamy Powell · Al Raby · Lincoln Ragsdale · A. Philip Randolph · George Raymond Jr. · Bernice Johnson Reagon · Cordell Reagon · James Reeb · Frederick D. Reese · Gloria Richardson · David Richmond · Bernice Robinson · Jo Ann Robinson · Bayard Rustin · Bernie Sanders · Michael Schwerner · Cleveland Sellers · Charles Sherrod · Alexander D. Shimkin · Fred Shuttlesworth · Modjeska Monteith Simkins · Glenn E. Smiley · A. Maceo Smith · Kelly Miller Smith · Mary Louise Smith · Maxine Smith · Ruby Doris Smith-Robinson · Charles Kenzie Steele · Hank Thomas · Dorothy Tillman · A. P. Tureaud · Hartman Turnbow · Albert Turner · C.T. Vivian · Wyatt Tee Walker · Hollis Watkins · Walter Francis White · Roy Wilkins · Hosea Williams · Kale Williams · Robert F. Williams · Andrew Young · Whitney Young · Sammy Younge Jr. · James Zwerg