Polymeras

Polymeras är ett enzym (EC 2.7.7.6/7/19/48/49) som syntetiserar långa kedjor av polymerer eller nukleinsyror. DNA-polymeras och RNA-polymeras används för att sätta ihop DNA-respektive RNA-molekyler genom att kopiera en DNA-mallsträng med basparande interaktioner eller RNA genom halvstegsreplikation.

Struktur av Taq DNA-polymeras.

Ett DNA-polymeras från den termofila bakterien, Thermus aquaticus ( Taq ) (PDB 1BGX , EC 2.7.7.7) används i polymeraskedjereaktionen, en viktig teknik inom molekylärbiologin.

Ett polymeras kan vara mallberoende eller malloberoende. Poly-A-polymeras är ett exempel på malloberoende polymeras. Terminalt deoxinukleotidyltransferas är också känt för att ha både malloberoende och mallberoende aktiviteter.

Typer

Efter funktion

Klasser av mallberoende polymeras
DNA-polymerasRNA-polymeras
Mallen är DNADNA-beroende DNA-polymeras
eller vanliga DNA-polymeraser		DNA-beroende RNA-polymeras
eller vanliga RNA-polymeraser
Mallen är RNARNA-beroende DNA-polymeras
eller omvänt transkriptas		RNA-beroende RNA-polymeras
eller RdRp eller RNA-replikas
  • DNA polymerase (DNA-riktat DNA-polymeras, DdDP)
    • Familj A: DNA polymeras I; Pol γ, θ, ν
    • Familj B: DNA polymeras II; Pol α, δ, ε, ζ
    • Familj C: DNA polymeras III holoenzym
    • Familj X: Pol β, λ, μ
      • Terminal deoxynucleotidyl transferase (TDT), som ger mångfald åt antikroppars tunga kedjor.[1]
    • Familj Y: DNA polymeras IV (DinB) och DNA-polymeras V (UmuD'2C) - SOS reparationspolymeraser; Pol η, ι, κ
  • Omvänt transkriptas (RT; RNA-riktat DNA polymeras, RdDP)
  • DNA-riktat RNA-polymeras (DdRP, RNAP)
    • Multiunderenhet (msDdRP): RNA-polymeras I, RNA-polymeras II, RNA-polymeras III
    • Enkelunderenhet (ssDdRP): T7 RNA polymeras, POLRMT
    • Primase, PrimPol
  • RNA-replikas (RNA-riktat RNA-polymeras, RdRP)
    • Viral (enkelunderenhet)
    • Eukaryot cellulär (cRdRP, dubbelunderenhet)
  • Mallfri RNA-förlängning

Efter struktur

Polymeraser är i allmänhet uppdelade i två superfamiljer, "högerhands" veckade (InterPro : IPR043502) och "dubbel psi beta barrel" (ofta helt enkelt "double-barrel") veckade. Den förra ses i nästan alla DNA-polymeraser och nästan alla virala enkelunderenhetspolymeraser. De är markerade med en bevarad "palm"-domän.[2] Det senare ses i alla RNA-polymeraser med flera underenheter, i cRdRP, och i "familj D"-DNA-polymeraser som finns i archaea.[3][4] "X"-familjen som representeras av DNA-polymeras beta har bara en vag "handflata"-form och anses ibland vara en annan superfamilj (InterPro : IPR043519 ).[5]

Primaser faller i allmänhet inte in i någon av kategorierna. Bakteriella primaser har vanligtvis Toprim-domänen, och är relaterade till topoisomeraser och mitokondriell helicase -glitter.[6] Archae- och eukaryotaprimaser bildar en obesläktad AEP-familj, möjligen besläktad med polymeraspalmen. Båda familjerna är ändå bundna till samma uppsättning helikaser.[7]

Se även

Referenser

Den här artikeln är helt eller delvis baserad på material från engelskspråkiga Wikipedia, Polymerase, 4 mars 2022.

Noter

  1. ^ ”Structural Basis for a New Templated Activity by Terminal Deoxynucleotidyl Transferase: Implications for V(D)J Recombination”. Structure 24 (9): sid. 1452–63. September 2016. doi:10.1016/j.str.2016.06.014. PMID 27499438. 
  2. ^ ”Structure of the RNA-dependent RNA polymerase of poliovirus”. Structure 5 (8): sid. 1109–22. August 1997. doi:10.1016/S0969-2126(97)00261-X. PMID 9309225. 
  3. ^ ”Multisubunit RNA polymerases”. Current Opinion in Structural Biology 12 (1): sid. 89–97. February 2002. doi:10.1016/S0959-440X(02)00294-4. PMID 11839495. 
  4. ^ ”The Extended "Two-Barrel" Polymerases Superfamily: Structure, Function and Evolution”. Journal of Molecular Biology 431 (20): sid. 4167–4183. September 2019. doi:10.1016/j.jmb.2019.05.017. PMID 31103775. 
  5. ^ ”The structure of an RNAi polymerase links RNA silencing and transcription”. PLoS Biology 4 (12): sid. e434. December 2006. doi:10.1371/journal.pbio.0040434. PMID 17147473. 
  6. ^ ”Toprim--a conserved catalytic domain in type IA and II topoisomerases, DnaG-type primases, OLD family nucleases and RecR proteins”. Nucleic Acids Research 26 (18): sid. 4205–13. September 1998. doi:10.1093/nar/26.18.4205. PMID 9722641. 
  7. ^ ”Origin and evolution of the archaeo-eukaryotic primase superfamily and related palm-domain proteins: structural insights and new members”. Nucleic Acids Research 33 (12): sid. 3875–96. 2005. doi:10.1093/nar/gki702. PMID 16027112. 

Externa länkar

Auktoritetsdata

Media som används på denna webbplats

Taq polimerase.png
STRUCTURE OF TAQ DNA POLYMERASE