Van Kerckhoven inledde sin spelarkarriär med Lierse, för vilka han debuterade 1990. Efter åtta säsonger med klubben flyttade han till Schalke 04 i tyskaBundesliga 1998. Med Schalke vann han tyska cupen två gånger innan han 2004 flyttade till Schalkes ligakonkurrent Borussia Mönchengladbach.[1] Spelarkarriären avslutades med KVC Westerlo för vilka han spelade mellan 2005 och 2010.