Hischier började spela i EHC Visps ungdomssektion men flyttade i 15-årsåldern till SC Bern tillsammans med sin äldre bror Luca. Detta gjorde det möjligt för Hischier att spela i de schweiziska högstaligorna på U17- och U20-nivå. Han inledde säsongen 2015-16 som utlånad till Visp i NLB men på grund ett flertal skador i Bern tog klubben tillbaka honom den 13 november samma år, vilket gjorde att han fick spela med sin bror i NLA.[2]
Nordamerika
Hischier valdes som sjätte spelare totalt av Halifax Mooseheads i CHL Import Draft. Efter att ha diskuterat med Halifaxs general manager och den schweiziska före detta Mooseheads-spelare Timo Meier anslöt Hischier till Halifax.[3] Första säsongen med Mooseheads resulterade i en andraplats bakom Maxime Fortier i lagets interna poängliga och tionde sammanlagt i QMJHL med 38 mål och 86 poäng på 57 matcher.[4] I slutspelet gjorde han flest poäng i laget med sina sju poäng på sex matcher..[5]
Inför NHL Entry Draft 2017 var Hischier betraktad som en topptalang och blev Hischier i slutet av säsongen ansedd som kandidat att väljas som första spelare.[5][6] Av NHL Central Scouting Bureau blev han rankad som näst bästa utespelare i Nordamerika och ansedd som "en enorm offensiv talang med exceptionell spelförståelse".[7] Hischier ansågs också vara en stark tvåvägsspelare och välrenommerad för sin skridskoåkning.[8] Han valdes som första spelare totalt av New Jersey Devils och blev därmed den första schweizaren att väljas först i draften.[9]