Metagenomik

Schematisk bild över hur metagenomik kan gå till.

Metagenomik är inom biologi studiet av metagenom, vilket är alla genom, från olika organismer, inom ett visst prov från en provtagning eller inom en viss typ av miljö. Metagenomik används främst för att studera ett områdes mikrobiella sammansättning eller för att identifiera och studera mikroorganismer som inte går att kultivera med metoder som bakterieodling. Väldigt få arter av bakterier, arkéer och encelliga eukaryoter går att isolera och odla enskilt, och representerar en väldigt liten del av del totala biodiversiteten. Detta gör metagenomik mycket viktigt för att identifiera olika typer av bakterier, arkéer och encelliga eukaryoter samt för att förstå deras evolutionära släktskap.[1]

Om ett metagenom DNA-sekvenseras för alla gener, istället för enskilda markörer som 16S, och sedan analyseras med bioinformatiska metoder så kan enskilda genom eller delar av dem identifieras ur metagenomet för att sedan analyseras individuellt. Detta har till exempel använts för att identifiera och beskriva Lokiarchaeota, ett fylum av arkéer.[2]

Se även

Referenser

  1. ^ Garrido-Cardenas, Jose Antonio; Manzano-Agugliaro, Francisco (2017-04-11). ”The metagenomics worldwide research” (på engelska). Current Genetics 63 (5): sid. 819–829. doi:10.1007/s00294-017-0693-8. ISSN 0172-8083. https://link.springer.com/article/10.1007/s00294-017-0693-8. Läst 1 december 2018. 
  2. ^ Spang, Anja; Saw, Jimmy H.; Jørgensen, Steffen L.; Zaremba-Niedzwiedzka, Katarzyna; Martijn, Joran; Lind, Anders E. (2015-05-14). ”Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes”. Nature 521 (7551): sid. 173–179. doi:10.1038/nature14447. ISSN 1476-4687. PMID 25945739. PMC: PMC4444528. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25945739. Läst 1 december 2018. 

Media som används på denna webbplats

Environmental shotgun sequencing.png
Författare/Upphovsman: John C. Wooley, Adam Godzik, Iddo Friedberg, Licens: CC BY 2.5
Environmental Shotgun Sequencing (ESS). (A) Sampling from habitat; (B) filtering particles, typically by size; (C) DNA extraction and lysis; (D) cloning and library; (E) sequence the clones; (F) sequence assembly.