Jones växte upp i stadsdelen Bonames i Frankfurt. Han gjorde sitt genombrott i stadens klubb och togs snart med i Tysklands U21-landslag. Han gick under en kortare period över till Bayer Leverkusen, men återvände snart till hemstaden och tog över kaptensbindeln.
Under säsongen 2005/2006 skadades Jones så svårt att han behövde opereras och var borta från fotbollen i åtta månader. Han återvände i sista matchen av första halvan av säsongen.