Elitserien i innebandy för damer 1998/1999 var den högsta serien i innebandy i Sverige för damer för säsongen 1998/1999. Elitserien bestod av två serier, Elit norra och Elit södra, som vardera bestod av 8 lag. De fyra främsta i varje serie gick vidare till slutspel. Högdalens AIS blev svenska mästare efter finalvinst mot IBF Falun med 2-0 i matcher.
Elit norra
Lag 1–4: Slutspel.
Lag 9–10: Nedflyttade.
Elit södra
Lag 1–4: Slutspel.
Lag 9–10: Nedflyttade.
| Elit södra | SM | V | O | F | GM | IM | MS | P |
---|
1. | Rönnby IBK | 18 | 14 | 2 | 2 | 87 | 29 | +58 | 30 |
2. | KFUM Örebro IB | 18 | 14 | 1 | 3 | 72 | 34 | +38 | 29 |
3. | Hindås IBK | 18 | 12 | 2 | 4 | 68 | 44 | +24 | 26 |
4. | IBK Lockerud | 18 | 10 | 2 | 6 | 64 | 41 | +23 | 22 |
| | | | | | | | | |
5. | Sjöstad IF | 18 | 9 | 4 | 5 | 57 | 48 | +9 | 22 |
6. | Växjö IBK | 18 | 8 | 1 | 9 | 58 | 58 | +0 | 17 |
7. | Jönköpings IK | 18 | 7 | 1 | 10 | 62 | 66 | –4 | 15 |
8. | Nässjö IBS | 18 | 3 | 2 | 13 | 45 | 83 | –38 | 8 |
| | | | | | | | | |
9. | Warbergs IC 85 | 18 | 3 | 2 | 13 | 40 | 78 | –38 | 8 |
10. | IBK Strandgården | 18 | 1 | 1 | 16 | 29 | 101 | –72 | 4 |
Slutspel
Kvartsfinaler
- Hindås IBK – IBF Falun 0–2 i matcher (3–5, 1–4)
- Skellefteå IBK – KFUM Örebro IB 2–1 i matcher (3–2, 3–6, 1–0)
- Balrog IK – Rönnby IBK 0–2 i matcher (2–3, 3–7)
- IBK Lockerud – Högdalens AIS 0–2 i matcher (2–3, 4–6)
Semifinaler
Final
Högdalens AIS blev svenska mästare 1998/1999.