Apen ligger på det nordtyska låglandet nära Nordsjökusten. Kommunen ligger endast ca 3 meter över havet och påverkas av tidvatten. För att undvika översvämningar har skyddsvallar byggts. Kommunen ligger i det ammerländska parklandskapet, på gränsen till Ostfriesland.
Apen och övriga Ammerland är en del av det historiska landskapet Oldenburger Land. Orten omnämndes första gången 1230 då det berättas om att riddarna av Apen deltog i greven av Oldenburgs här. Vid denna tid byggdes även Apens äldsta kyrka, St. Nikolai-kyrkan. År 1340 byggdes Ammerlands första väderkvarn i Apen.
Under historiens lopp har Apen varit den viktigaste orten för försvaret mot grannlandskapet Ostfriesland. År 1457 brändes Apen ned i strider mellan Ostfriesland och Oldenburg. Vid ett flertal andra tillfällen under 1400- och 1500-talen drabbas Apen av bränder och år 1538 erövras fästningen i Apen av furstbiskopen av Münster.
År 1582 inrättade greve Johan VII av Oldenburg två marknader i Apen och 1778 revs fästningen. I dag finns enbart vallgraven kvar.
^Alle politisch selbständigen Gemeinden mit ausgewählten Merkmalen am 31.12.2022, Statistisches Bundesamt, 21 september 2023, läs online, läst: 7 oktober 2023.[källa från Wikidata]